국방부의 방안에 따르면 방사청은 무기체계 개발과 방산수출에 전념하고, 국방부는 이외 국방 R&D 업무를 수행토록 하는 것이 핵심이다. 방사청 출연기관인 국방과학연구소(ADD)와 국방기술품질관리원 산하 국방기술진흥연구소는 국방부로 이관되고, 국방 R&D 업무를 전담하는 국방부 산하 '국방기술혁신원'(가칭)을 설립하는 계획이 추진된다. 방사청이 수행하던 국방기술보호·심사 및 핵심기술연구개발 업무 등도 국방부로 넘어가게 된다.
국방 R&D 거버넌스 구축 방안이 실행될 경우 2025년 정부안 기준 방사청 예산 18조712억원의 16.5%인 2조9834억원이 국방부로 이관된다. 이는 전체 국방 R&D 예산 4조9024억원의 60.9%에 이르는 수준으로, 방사청은 대폭 줄어든 무기체계 연구개발과 방산정책지원 및 수출 업무 정도만 맡게 된다. 무기체계 R&D와 국방 R&D 기능을 두부 자르듯이 분리할 수 있는가에 대해서는 비판적인 시각이 많다.
방사청의 기능을 대폭 축소하는 정부 방안은 대전시로선 악재가 아닐 수 없다. 방사청 이전을 계기로 지역 과학기술 인프라를 활용해 방산 관련 연구개발 시너지를 극대화, '국방산업 메카'로 구축하려던 터에 당혹스러운 일이다. 대전시를 비롯한 지역정치권의 적극적인 대응이 요구된다. 국방 R&D 체계를 국방부 중심으로 재편하는 것은 방위산업의 효율성과 대응력을 떨어뜨릴 가능성이 크다는 지적이 설득력을 얻고 있다. 국방부는 방안을 철회하는 것이 마땅하다.
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