유전자변형 작물에 우려를 나타내는 단체들은 황금쌀의 개발 소식 이후 유전자변형 작물 재배가 환경과 인간에 위험할 수 있기 때문에 비타민 보충제를 공급하거나 신선채소를 제공하여 비타민 결핍을 근본적으로 해결할 수 있는 빈곤퇴치 등의 대안 마련이 우선적으로 이루어져야 한다고 오랜 기간 동안 황금쌀을 반대해왔다.
2010년 마이크로소프트의 빌과 멜린다 게이츠(Bill & Melinda Gates) 재단은 지체되었던 황금쌀 이용을 위해 1300만 달러를 투자했으며 필리핀에 위치한 국제 미작 연구소(IRRI)는 2년간의 지역시험재배를 완료하였다. 필리핀에서는 농민들에게 종자를 배분하기 위한 준비를 시작했으며 2015년에는 방글라데시와 인도네시아로 확대될 것으로 예상되고 있다. 그린피스는 필리핀 사람들을 황금쌀을 시험하는 기니피그로 만들었다고 비난하고 있지만 그린피스 공동 창립자이자 수석 과학자인 패트릭 무어(Patrick Moore) 박사는 비타민A 결핍을 막을 수 있는 황금쌀의 개발 및 재배에 대한 반대는 그린피스의 반인륜적인 범죄라고 강하게 비판했다.
농업 생명공학 기술은 이제 보편화 된 기술로서 우리 생활과 동떨어진 것이 아니며 우리 앞에 성큼 다가와 있다. 이에 따라 우리나라도 생명공학 작물에 대한 폭넓은 시야를 가지고 신품종 개발 등에 노력해야 할 필요가 있다. 생명공학 종자 개발의 활성화를 위해 관련자들은 유전자변형 작물에 대한 인식전환을 위해 투명하고 자세한 정보제공, 충분한 안전성 평가 등을 위해 끊임없이 노력해야 할 것이다.
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