이 법안에 따르면 백두대간 보호 기본계획 및 보호지역과 관련한 원칙과 기준은 환경부장관이 정하되 구체적인 계획 수립과 보호지역 지정, 관리는 산림청장이 맡도록 했다.
이에 따라 백두대간 보호대상지역은 45만7508ha로 핵심구역 10만6218ha와 완충구역 35만1290ha로 나눠 핵심구역에는 국방, 도로, 철도 등 공용·공동시설과 자연환경보전시설 등 9개 시설 설치를 제외한 개발행위가 엄격히 제한된다.
완충구역에도 핵심구역 내 허용시설과 산림관련 공익, 연구, 교육시설 등 7개 시설만 제한적으로 허용된다.
특히 백두대간의 무분별한 훼손을 막기위해 지방자치단체 등의 산지관리법 등 개별법에 따라 개발을 인·허가할 경우 산림청장과 사전에 반드시 협의해야 하고 국가 및 지자체 등은 백두대간 보호에 필요한 시책 및 보호활동을 강화하도록 명문화했다.
하지만 환경부와 산림청이 공동으로 백두대간보호법을 관할하게 됨으로써 앞으로 업무조정과정에서 마찰이 재연될 수 있는 소지도 적지 않다. 또 보호지역 가운데 사유림 16만8378ha로 전체의 36.8%를 차지하고 있어 사유재산권 침해에 따른 산주들의 반발도 앞으로 풀어야 할 과제다.
한편 백두대간은 금강산을 기점으로 설악산 태백산 소백산을 거쳐 지리산까지 이어지는 총길이 1400km로 한반도의 중심으로 각종 개발행위로 훼손이 심각해져 정부는 물론 시민단체 등이 보전을 위한 법개정을 요구했다.
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