생태 중심의 지표는 또한 오염의 지표가 된다. 가령 어류평가지수는 서식지 상태를 알려주며 부착조류는 수질오염 판정에 유용하다. 천안천과 보령천, 대천천 등 먹이사슬의 1차 소비자인 물 밑바닥의 저서동물(底棲動物) 관련 지수가 E등급인 하천이 많다. 하천 어류평가지수는 대개 보통이나 악화인 걸 보더라도 이화학적 수질 위주의 하천 수질관리는 개선할 여지가 있다. 오염수 출현종이 다수 발견된다면 빗물로 야기된 비점오염원과 하수로 등의 정비 필요성이 있다는 경고다.
우려되는 것은 역시 외래 동식물이었다. 외래종, 침입종이라고 전부가 생태계 교란 생물은 아니지만 최소한 법정 외래종이라면 철저히 관리해야 한다. 조사 대상 각 하천에서 발견된 배스 등은 포획하거나 천적 토종어류인 가물치를 방류해서라도 수생 생태계 교란을 막아야 한다. 법정 외래동식물이 아니어서 목록조차 작성되지 않고 관리권역 밖에 있는 동식물에 대한 대책 또한 시급한 사안이다.
전반적으로 수질이나 하천환경에 비해 어류의 건강성이 낮다면 인위적 하상교란이 의심된다. 태안천이 하천 공사로 E등급을 보인 것도 이 같은 사례다. 토종 동식물과 공생하지 않고 배척하는 생태계 교란 동식물에 대해서는 적극적인 제거에 나서야 한다. 지표에 만족하지 말고 수량과 수질, 수생태계 전반, 나아가 종합적인 물 관리와 물 문제 대응에 활용하면 좋겠다.
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