출연연 기술료 수입 과세 '뜨거운 감자'

감사원 “로열티 등 부가세 면제 안돼” 출연연 “민간기업 피해 부작용 우려”

정부출연연구기관의 기술료 수입에 대한 부가가치세 과세 여부 논란이 연구현장에서 뜨거운 감자로 떠올랐다.

2011년 출연연의 기술료 인센티브에 대한 연구원들의 소득세 등 과세 논란이 법적 소송으로 비화돼 지난 5월 대법원에서 '비과세'로 확정 판결된 직후여서 더 관심이 높다. 일부 출연연은 법적 소송 의지를 피력하고 있으며 출연연간 공동대응 여부도 검토하고 있다.

감사원은 출연연이 개발한 자체 기술을 민간기업에 이전하고 받은 로열티 등 기술료 수입은 부가세 면제 대상이 아니라는 판단이다.

부가세가 면제되는 학술·기술연구단체가 공급하는 용역의 범위에는 단순히 기존의 학술·기술연구 결과를 응용 및 이용하는 용역은 포함되지 않는다는 대법원 판례를 따르고 있다.

출연연의 연구개발 성과 또는 기술연구 결과를 제3자에게 이전하거나 사용할 수 있는 권리를 부여해 대가로 수입을 받는 경우 면세 대상에 해당하지 않아 부가세 과세 대상이라는 설명이다.

출연연은 2011년 기술료 인센티브 논란 때처럼 이번 과세 결정이 잘못됐다는 주장을 굽히지 않고 있다.

정부가 세수확보를 위해 출연연 조차 면세사업자이던 것을 일반사업자로 변경하는 등 민간기업과 마찬가지 취급을 한다는 것이다.

또 기술료 수입에 대해 부가세가 과세되면 기술이전료 상승에 따른 민간기업 피해 등 부작용을 우려하고 있다.

이영록 기자 idolnamba2002@