'부처간 엇박자'에 연구현장 몸살

과세 여부 이견속 일선 세무서 징수 강행, 반발 거세 출연연 30%ㆍ대학 4% '고무줄 과세' 형평성 상실… 법 정비 시급

●기술료 성과급 세금폭탄

<속보>=기술료 성과급에 대한 정부부처의 일관성 없는 법 적용으로 정부출연연구기관과 각 대학 산업협력단이 세금 폭탄 몸살을 앓고 있다.

이에 더해 세무당국은 출연연과 대학에 각기 다른 기술료 성과급 과세 잣대를 들이대는 등 '기술성과급 과세 고무줄'이라는 평을 듣고 있어 이에 대한 정부의 통일된 기준마련이 시급하다.

▲비과세 VS 과세, 정부부처도 이견=출연연과 각 대학들은 그 동안 기술료는 소득세법 12조 5항에 따라 직무발명보상금은 비과세한다는 조항에 따라 세금을 내지 않았다. 직무발명 보상금 비과세는 직무발명에 대한 정당한 보상으로 연구의욕을 고취, 더 많은 우수발명 창출을 촉진하기 위해 2006년 제정됐다.

이에 따라 출연연의 경우 기술료 성과급을 집행을 위해 지식경제부 산하 산업기술이사회나 교육과학기술부 산하 기초기술이사회의 승인을 받아 적법하게 사용해 왔다.

하지만, 지난해 감사원이 기술료 성과급 비과세는 잘못됐다며 각 지역세무서에 과세를 지시, 하루아침에 탈세자라는 오명을 뒤집어쓰게 됐다. 한마디로 정부부처 간 기술료성과급에 대한 세금징수에 대해 의견이 통일되지 않은 가운데 각 지방세무서가 무리하게 과세를 추진, 출연연과 각 대학들은 부당한 처사라며 행정소송을 제기하고 있다.

하루아침에 108억 원, 거액의 세금을 추징당한 한국전자통신연구원(ETRI)은 징수유예를 위해 7연구동(국세청 고시가 142억 원)을 담보로 제공하기도 했다.

세무서가 정부기관이나 정부산하기관을 상대로 세금징수를 위해 건물을 압류한 것은 사상 초유의 일로, 세무전문가들은 “있을 수 없는 일이 벌어졌다”며 지방세무서의 무리한 과세를 지적했다.

▲기술료 성과급 과세 기준은 고무줄=근본적으로 기술료 성과급에 대한 과세 여부가 결정되지 않은 가운데 각 지방세무서는 출연연과 대학에 각각 다른 과세기준을 적용, 고무줄 과세라는 비난을 사고 있다.

각 지방세무소는 출연연의 기술료 성과급을 소득으로 판단, 30%에 달하는 근로소득세를 적용했지만 대학에는 기타소득으로 분류, 4%의 기타소득세를 부과하는 등 같은 사안에 대해 법 적용을 각각 달리하는 등 법 형평성을 상실했다는 비난을 받고 있다.

대덕특구 내 출연연에 30%근로소득세를, 충남대에 4%의 기타소득을 부과한 서대전세무서는 이에 대해 “감사원 지시사항이다”라는 궁색한 변명으로 기술료 성과급에 대해 각각 다른 과세기준을 적용한 것에 즉답을 피했다. 출연연 관계자 A씨는 “기술료 성과급에 대해 관련 법을 정비하지도 않고 과세한 것은 물론 출연연과 대학에 다른 과세기준을 적용한 것에 대해 도저히 이해할 수 없다”며 빠른 시간 내 관련 법규정비가 필요하다고 덧붙였다.

또 다른 출연연관계자는 “기술료성과급 집행을 위해 정부부처와 상의하고 산업기술ㆍ기초기술연구회의 승인과 이사회 승인을 받아 집행했는데 이를 무시하고 세무서가 과세한 것은 정부부처간 이견으로 출연연과 대학만 피해를 보고 있다”는 제도 개선을 요구했다.

권은남 기자 silver@